اسلام در قرن سیزدهم میلادی توسط صوفیان و تاجران شهر گجرات هند وارد اندونزی شد. قبل از ورود اسلام به اندونزی، ادیان غالب در این کشور بودایی و هندو بود. تا قرن ۱۶ میلادی، اسلام توانست دو دین دیگر را کنار زده و تبدیل به اصلی‌ترین مذهب کشور اندونزی به ویژه در جزایر جاوه و سوماترا شود.
ژنگ هه از فرمانروایان مسلمان چینی است که به خاطر سکنی دادن «جامعه‌ی چینی‌های مسلمان» در سواحل جاوه معروف است. حاجی یان یینگ یو، رهبری جامعه‌ی چینی‌های مسلمان را بر عهده داشت و مسلمانان را تشویق به انتخاب نام محلی برای خود کرد. بعدها، مسلمانان جاوه، بخش‌هایی از این جزیره و قلمرو بودایی-هندویی پاجاراران را فتح کردند. گسترش اسلام در اندونزی در قرن شانزدهم با وجود ۹ خاندان مقدس به نام «والی سانگا» کاملا مشهود است. اسلام پس از جاوه به دیگر نقاط اندونزی از جمله شمال سوماترا در قرن چهاردهم، شبه‌جزیره‌ی مالی در قرن پانزدهم، مناطق مرکزی، غربی و شرقی جاوه در قرن شانزدهم نیز گسترده شد.
جمعیت مسلمان کنونی اندونزی
اندونزی بیشترین جمعیت مسلمانان جهان را داشته و عنوان «پرجمعیت‌ترین کشور مسلمان دنیا» را نیز یدک می‌کشد. بیش از ۲۰۰ میلیون مسلمان در اندونزی زندگی می‌کنند که برابر با ۱۳ درصد از جمعیت کل مسلمانان جهان است. همچنین اسلام، دین قالب این کشور است؛ حدوداً ۸۸ درصد از جمعیت اندونزی مسلمان هستند. عمده‌ی مسلمانان اندونزی را سُنی‌ها تشکیل می‌دهند و تنها یک میلیون مسلمان شیعه در این کشور وجود دارد. بیشتر شیعیان اندونزی در جاکارتا زندگی می‌کنند، البته تعداد قابل توجهی از آنان نیز در جاوه و سوماترا هستند. مسلمانان سنی اندونزی در تمامی نقاط کشور زندگی می‌کنند اما بیشترشان در جاوه، سوماترا، سولاوسی، کالی‌مانتان و ملوک شمالی متمرکز هستند. مهاجرت داخلی در اندونزی موجب ایجاد تغییراتی در میزان جمعیت مسلمانان کشور شده است؛ برای نمونه، مناطقی که قبلاً عمده جمعیتشان مسیحی بودند، اکنون مسلمان هستند. بیشتر جمعیت ملوک شمالی در اوایل دهه‌ی ۱۹۹۰ متشکل از مسیحیان بود اما اکنون تعداد مسیحیان آن به حداقل رسیده است.
تاثیر اسلام در فرهنگ و جوامع اندونزی
اسلام در اندونزی، تأثیر بسزایی در فرهنگ و زندگی مردم این کشور داشته است. فرهنگ اندونزی با تعامل اسلام و مردم بومی این کشور شکل گرفته است. پیوستگی و آمیزش مسلمانان و مردم محلی این کشور، منجر به تولد فرهنگ و باوری جدید به ویژه در زمینه‌های هنری، موسیقی و سینما شده است. اسلام همچنین نحوه‌ی پوشش، معماری و ادبیات مردم اندونزی را نیز تحت تأثیر خود قرار داده است. اگرچه مسلمانان اندونزی هنوز نتوانسته‌اند کشور خود را به یک مملکت اسلامی تبدیل کنند، اما تأثیر مستقیمی در فعالیت‌های سیاسی کشور از جمله انتخابات و سیاست‌گذاری دارند.
آزادی مذهبی در اندونزی
قانون اساسی اندونزی این اجازه را به هر کس می‌دهد تا هر دین و مذهبی که می‌خواهد، داشته باشد. مردم این کشور به یگانگی خداوند متعال معتقدند. ادیان و مذاهبی مانند اسلام، بودا، مسیحیت کاتولیک، مسیحیت پروتستان، هندو و کنفوسیوس‌گرایی توسط «وزارت امور مذهبی» اندونزی به رسمیت شناخته شده‌اند. علی‌رغم مسلمان بودن اکثریت مردم اندونزی، این کشور یک مملکت اسلامی نیست. اندونزی، همچنین، آزاداندیش‌ترین کشور مسلمان جهان نیز به شمار می‌رود.
مساجد معروف و آثار هنری و معماری اسلامی در اندونزی
اسلام، برخی از شگفت‌انگیز‌ترین و زیباترین آثار هنری و معماری جهان را بر اندونزی ارزانی داشته است. اندونزی چند نمونه از زیباترین مساجد، ساختمان‌های مسکونی و مراکز خرید به سبک معماری اسلامی را دارد. برخی از معروف‌ترین مساجد اندونزی عبارت هستند از: استقلال، سومنپ، باندا آسه و کودوس. ساختار مساجد اندونزی ترکیبی از معماری اسلامی و هندو است.